O instalador NUNCA apaga dados do seu sistema. Se após instalar a nova versão os dados aparentemente sumiram, então provavelmente a nova versão foi instalada em uma pasta diferente da versão anterior e por isto um novo banco de dados vazio foi criado.
Para resolver o problema você deverá instalar novamente a nova versão e durante a instalação escolher a pasta de destino correta (igual à pasta da versão anterior) para que o sistema use o banco de dados da versão anterior.
Nunca instale o programa em uma pasta diferente da sua versão, pois isto causará mal funcionamento do sistema.
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