Para remover senha de arquivo PDF no Debian Linux siga os passos a seguir:

• Instale o aplicativo pdftk:
  

  apt-get install pdftk

• Execute a linha de comando abaixo informando o arquivo de entrada (com senha), a senha do arquivo e o nome de um arquivo de saída (sem senha):
  

  pdftk ArquivoComSenha.pdf input_pw SenhaDoArquivo output ArquivoSaida.pdf

Se preferir poderá criar um script para remover a senha de todos os arquivos PDF da pasta corrente, como este a seguir:

# removerSenhaPDF.sh
# Autor: Daniel Pereira Guimarães
# Data: 19/04/2020
# Uso: ./removerSenhaPDF.sh diretorioPDF SenhaPDF diretorioSaida
for arquivo in $1/*.pdf
do
  a=$(basename "$arquivo")
  echo "$a"
  pdftk "$arquivo" input_pw "$2" output "$3/$a"
done