Para limpar todo o histórico:

history -c

Para remover apenas uma linha do histórico, execute o comando abaixo trocando n pelo número da linha:

history -d n

O histórico de comandos é salvo no arquivo .bash_history no diretório home do usuário. Então você também pode editá-lo para remover o conteúdo indesejado. No Git Bash esse arquivo fica na pasta raiz do repositório.